Hackathon

First Hackaton: Artathon

October 23-24, 2019

First Hackaton: Artathon

Organized by: Prof. Uri Herhberg, Department of Human Biology

 

artathon1

 

Over twenty participants attended, from several Universities and from industry and public sector, including: The University of Porto, Portugal, Boston University, Shenkar College of Engineering, Design and Art, Bezalel Academy of Art and Design, Ort Braude, Faber Design and Branding, IBM research Haifa, and from the University of Haifa and Bar-Ilan University.

artathon2

ביומיים האחרונים נערך Artathon מדעי הנתונים: פיתוח שיטות חדשות לויזואליזציה של נתונים ביולוגיים. היו סטים של נתונים של רצפי דנ"א של תאי B: תאי דם לבנים של המערכת החיסונית שמייצרים נוגדנים. תאים אלה מתחילים את ההתמיינות שלהם במח העצם אבל במהלך חיי האדם עוברים מוטציות רבות שמאפשרים למערכת החיסונית לייצר סוגים שונים של נוגדנים כנגד גופים זרים (או במקרה של מחלות אוטו-אימוניות, כלפי רקמות של האדם עצמו). Clone של תאים נוצר במקור מתא בודד שמתחלק במהירות רבה יותר מאשר תאים אחרים בגוף. אפשר ליצור עצים אבולוציוניים של כל צאצאי התא המקורי ולהראות את השונות בין התאים האלה. השונות היא במימדים רבים: הרצף הגנטי, היכולת שלו להיקשר לגופים זרים שונים, המיקום של התא – כלומר באיזו רקמה או איבר של האדם הוא נמצא: דם, מח, טחול, מעי וכדומה. חוקרים שונים רוצים לענות על שאלות שונות ולהבין את הצורה בה פועל המנגנון החיסוני והם רוצים להשוות בין עצים שמקורם בתא בודד שונה מאנשים שונים או מאותו אדם בנקודות זמן שונות, או מרקמות שונות. האם נוכל לחשוב על שיטות ויזואליזציה מעניינות שיעזרו לחוקרים להבין תוצאות של ניתוחים שמשווים בין העצים? האם נוכל לתכנת אב טיפוס שיקח נתונים כאלה ויציג אותם וזאת תוך 24 שעות?

זה היה נושא הארטאתון שאירגון פרופסור אורי הרשברג מהפקולטה לביולוגיה באוניברסיטת חיפה. זה גם ההאקתון הראשון של מרכז מחקר מדעי הנתונים של אוניברסיטת חיפה בניהולה של פרופסור מור פלג

artathon3

 במקום הראשון בארטאתון קבוצת Clonebob עם אדיב אבו אליה , טום, מייקל פאבר ומייקל שהצמידו את התאים של ה-Clone ה clone לפי מיקומם באיברים בכל נקודת זמן המפה משתנה. גודל העיגולים מראה את מספר העותקים של תאים ששייכים לאותו צומת בעץ ה Clone

 

artathon4 

אתמול הסתיים הארטאתון של מדעי הנתונים בדגש ויזואליזציה של נתונים גדולים של התמיינות תאים של המערכת החיסונית - איך לתת תובנות לחוקרים ע"י ויזואליזציה. במקום השני אלכס קוגן ואורי הרשברג שמראים אילן יוחסין של תאים שמייצרים נוגדנים ומקורם בתא בודד. אלגוריתם בונה את העצים באלה אך יכולות להיות שגיאות בבניה או בנתונים ששימשו כמקור. הויזואליזציה נותנת מידע שמצביע על מהימנותו של כל צומת בעץ לפי 3 פרמטרים: מספר המוטציות מצומת האב (מספר שמופיע ליד כל צומת), מספר התאים באותה צומת (גודל הצומת) והקרבה לעלי העץ ובנוסף מאיזו נקודת זמן הצומת (צבע ירוק או כיול או אם בשתי נקודות הזמן אז בסגול)

artathon5

המקום השלישי יאיר מרום, לירן איבנברג, ארין,  ואדמר אגויאר שפיתחו תוכנה שמשווה בין עצים לפי משתנים שהמשתמש בוחר. כאן מוצגים 3 משתנים שמאפיינים עצים: עומק העץ, מספר הבנים המקסימלי ומספר הבנים בעומק

dsrc logo 2020 color 1 copy

© 2019 DSRC. All Rights Reserved.

Contact Us

University of Haifa

Address: 199 Aba Khoushy Ave.
                 Mount Carmel, Haifa, Israel.

TEL: +972-542688302

Mail: tgadot@univ.haifa.ac.il